Основу структуры Филиала образуют четыре Отдела:
Заведующая Отделом - доктор биологических наук Воробьева Людмила Викторовна
Отдел создан в 1964 году. В его составе работает порядка сорока сотрудников, включая четырех докторов и девять кандидатов наук.
Приоритетное научное направление Отдела - изучение структуры, пространственно-временной
изменчивости и функционирования сообществ переходных активных зон (экотонов)
моря в связи с условиями среды обитания.
Заведующий Отделом - доктор биологических наук Золотарев Валентин Николаевич
Отдел создан в 1985г. В его составе работают двадцать девять сотрудников,
включая одного доктора и одиннадцать кандидатов наук.
Приоритетные научные направления Отдела:
Изучение закономерностей изменения структурных и функциональных характеристик
популяций морских беспозвоночных, как показателей их адаптаций в условиях современных
преобразований экосистемы Черного моря.
Разработка научных основ и технологий культивирования морских беспозвоночных,
рационального использования природных полимеров и биологически активных веществ
гидробионтов.
Разработка технологии переработки органических отходов с помощью культур олигохет.
Заведующий отделом - кандидат биологических наук Дятлов Сергей Евгеньевич
Отдел создан в 2001 году на базе Отдела нормирования антропогенных нагрузок на морские экосистемы, основанном в 1985 г. С 1985-1989 гг. отделом руководил д.г.н. А.М.Бронфман, в 1989 – 1999 гг к.х.н. Н.И.Рясинцева.
В настоящее время в составе отдела работает 26 сотрудников, включая 9 кандидатов наук.
Специалистами Отдела разрабатываются теоретические, методологические и прикладные задачи исследований качества водной среды морских и пресноводных экосистем.
Целью проводимых исследований является научное обоснование и внедрение в хозяйственную практику экологического нормирования, направленного на предупреждение и устранение экологически вредных последствий хозяйственной деятельности в морских и приморских регионах, гармонизацию водного природопользования, устойчивое развитие водных экосистем и рациональное использование водных ресурсов.