Филиал выполняет широкий круг прикладных разработок (в т.ч. экспертных) в области морского природопользования, включая:

• Комплексную оценку состояния водных экосистем. Выработку практических рекомендаций по их рациональному использованию и охране.
  

• Математическое моделирование динамики вод, переноса и трансформации загрязняющих веществ, поступающих в морскую среду в результате аварийных и технологических сбросов, с целью оценки их воздействия на экосистемы шельфовых зон моря.
  

• Анализ химического состава, микробиологических характеристик природных вод, промышленных стоков, морепродуктов и т.п.
  

• Определение видового состава флоры и фауны (бактерии, водоросли, грибы, беспозвоночные животные, рыбы, млекопитающие). Составление кадастров видов.
  

• Определение запасов биологических ресурсов, оценку и прогноз их состояния.
  

• Разработку технологий: культивирования морских и пресноводных беспозвоночных, получения из морских организмов пищевых продуктов и кормов.
  

• Моделирование и прогнозирование физиологической активности организмов (обменные, продукционно-деструкционные процессы и т.п.)
  

• Разработку стандартов, нормативов и регламентов.
  

• Определение уровня токсичности и предельно-допустимых концентраций веществ различных классов в водных экосистемах.

• Комплексную оценку воздействия хозяйственной деятельности (перевалки грузов, дампинга, берегоукрепительных работ и т.п.) на водные экосистемы. Разработку рекомендаций по предотвращению или снижению уровня наносимого экологического ущерба.
  

• Гидробиологическую мелиорацию прибрежных зон.
  

• Оценку уровня воздействия водных организмов на различные конструкционные материалы и изделия из них. Разработку рекомендаций по предотвращению биогенной коррозии и обрастания.